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NGS与NGM相结合成功绘制前列腺癌全基因组图谱

发布时间: 2017-04-14 10:41:27 来源:中国癌症防治网

对于前列腺癌来说,复杂的基因组重组事件是非常普遍的一个现象。然而,之前的研究对这一问题并没有得到很好的解决。对于二代测序(NGS)技术来说,检测片段长度大于1kb的基因组结构变异存在一定的挑战。Next generation mapping技术能够与NGS形成互补,很好的解决基因组大片段的变异问题。

日前,澳大利亚研究人员通过结合NGS与NGM技术(该技术基于Bionano Genomics公司的Irys 系统)完成了世界首例前列腺癌全基因组的绘制,为进一步理解该病提供了新的见解。该研究选择标准格里森评分(Gleason score)为7分的前列腺癌样本,这是诊断中较常见的,但在临床上是高度不可预测的一类。

这项研究揭示了以前未检测到的与该病相关的DNA变化,相应结果发表在《Oncotarget》杂志上。通过前列腺癌全基因组绘制获得的信息可以用来描述个体的肿瘤特征并揭示以前无法识别的信息,进而使疾病的治疗更有针对性。

该研究发现的大片段DNA重排事件是此前发现的10倍,并发现了15种新的前列腺癌的潜在驱动因子。

Garvan医学研究所Vanessa Hayes教授
Garvan医学研究所Vanessa Hayes教授

该研究负责人,Garvan医学研究所Vanessa Hayes教授说,“尽管多年来我们一直在研究前列腺癌,但对这些肿瘤的驱动因素了解有限。临床上较大的挑战之一是区分哪些癌症会扩散并危及生命,哪些癌症可以避免损伤较大的临床治疗。为了进行靶向治疗,我们首先需要了解每个肿瘤的驱动基因。”

研究人员使用新的NGM技术和全基因组测序相结合,揭示了迄今为止较全面的前列腺癌全基因组图谱。

对于大多数的癌症来说,主要是驱动基因上的点突变或小的插入缺失所引起,而前列腺癌比较独特。此前,我们只了解前列腺癌中少量的小级别的遗传变异,然而,目前看来,它更可能是由基因组内的大型复杂的DNA重排引起的。

Hayes教授表示,在这项研究中,新的mapping技术与全基因组测序的协同分析非常重要。她说,“我们不能仅使用测序技术完成这项工作。全基因组测序在识别小的DNA突变时非常有用,但是当一个基因被删除,转移到另一条染色体上或多次扩增时,测序可能就无法检测到。结合下一代mapping技术,我们发现了大量的大规模重排,然后基因组测序使我们能够鉴定出受这些重排影响的基因。”

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